Согласно п. 1 ст. 346.43 НК РФ, патентная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения.
Минфин России в письме от 20 сентября 2018 г. № 03-11-12/67188 ответил на вопрос по учету средней численности работников, предпринимателю, применяющему ПСН и УСН. Согласно разъяснениям, данные налогоплательщики, должны вести раздельный учет средней численности работников, занятых в видах предпринимательской деятельности по указанным спецрежимам.
В соответствии с п. 5 ст. 346.43 НК РФ, ИП, применяющий патентную систему налогообложения, вправе привлекать наемных работников, в том числе по договорам гражданско-правового характера. При этом средняя численность наемных работников, не должна превышать за налоговый период 15 человек по всем видам предпринимательской деятельности, осуществляемым индивидуальным предпринимателем.
Данное ограничение не может распространяться на другие режимы налогообложения, так как оно прописано в главе, регулирующей именно ПСН (позиция судов: определение Верховного Суда Российской Федерации от 01.06.2016 № 306-КГ16-4814, постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 29.01.2016 № Ф06-4859/2015, постановление Одиннадцатого арбитражного апелляционного суда от 23.10.2015 № 11АП-13561/2015). Таким образом, при совмещении ИП патентной системы налогообложения и упрощенной системы налогообложения, необходимо вести раздельный учет средней численности работников, занятых в видах предпринимательской деятельности, облагаемых в рамках патентной системы налогообложения и в рамках упрощенной системы налогообложения.