Согласно письму ФНС от 01.10.2018 г. № СД-4-3/19050@, если юридическое лицо имеет право на освобождение от НДС (ст. 145 НК РФ), то непредставление в установленный срок уведомления и документов не является основанием для отказа в применении льготы. Эта же позиция подтверждается судебной практикой (постановление Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 30.05.2014 № 33 «О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием НДС»). Также, в соответствии с определением Верховного Суда РФ от 31.01.2018 №306-КГ17-15420, налогоплательщик вправе подать уведомление об освобождении от НДС, даже после обжалования результатов выездной налоговой проверки в суде. Однако при условии, что данный налог не исчислялся, не предъявлялся покупателям, и не прошли 3 года, предназначенные для возврата (зачета) переплаты по налогу.
Таким образом, если в ходе выездной налоговой проверки общества, применяющего ЕНВД, доначисляются налоги по общей системе налогообложения, а также и НДС, то необходимо уведомить инспекцию об использовании права на освобождение от НДС. Также отметим, для получения данного права, выручка от реализации товаров (услуг, работ) без учета налогов не должна превышать 2 млн руб. за три последовательных календарных месяца, предшествующих месяцу начала применения освобождения (п. 1, абз. 3 п. 3 ст. 145 НК РФ).